益生菌可以通过促进肠道微生态平衡，帮助减轻腹泻症状和减少腹泻发生，其作用是通过以下机制的：

(1)益生菌可增强肠道屏障功能，保持健康的胃肠道内环境，益生菌竞争抑制有害菌，与病原菌争夺营养物质，并占据肠道可用空间，阻止病原菌的粘附和通过;益生菌可产生抗菌物质，降低肠道PH值，造成局部酸性环境，从而杀灭有害菌，减轻腹泻。

(2)益生菌可以促进SIgA分泌，与相应病原微生物(细菌、病毒等)或致敏原结合，阻止病原体或致敏原粘附到细胞表面，增强肠道免疫屏障功能，帮助机体清除致病微生物和潜在致敏原。

(3)益生菌可以分泌乳糖酶，帮助消化乳糖，减轻乳糖不耐受引起的腹胀、腹泻等。基于以上，益生菌可以帮助缓解感染性腹泻(包括各种细菌感染性腹泻、病毒感染性腹泻，例如轮状病毒感染引起的儿童秋季腹泻)、抗生素相关性腹泻、乳糖不耐受性腹泻。

需要注意的是，对于婴幼儿腹泻，在服用益生菌的同时，需要注意纠正不正当的护理方式，例如辅食添加不合理、不洁饮食、腹部着凉等。

益生菌可以帮助改善和减轻便秘，是因为益生菌能与肠粘膜上皮细胞紧密结合，形成微生物保护层，抵御外来有害菌定植肠道，抑制有害菌生长。像东海凝结芽孢杆菌，它能够分泌乳酸，促进肠道蠕动，恢复肠道自主蠕动功能。另外凝结芽孢杆菌的表层蛋白具有保水性，能够通过电荷作用吸引水分子，锁住水分，润肠通便，是唯一具有保水润肠作用的益生菌。

益生菌能分解益生元产生水分，使大便柔软湿润，从而缓解大便干燥。所以在服用益生菌的同时，增加运动、多饮水、多食水果、蔬菜、粗粮等富含膳食纤维的食品，非常有助于益生菌发挥更好的作用。如果是长期不能缓解的严重便秘，要排除可能患有的肠道疾病，如肠道畸形(先天性巨结肠等)。